حضور در مجلس درس سید کاظم رشتی‏
سید علی محمد، پس از توقف پنج ساله در بوشهر، با رها کردن تحصیل و تجارت، به شیراز بازگشت و از آن جا به مکه سفر کرد، سپس برای زیات قبر امام حسین علیه‏السلام و تحصیل علم، به کربلا رفت و در آن جا، به جهت سنخیت فکری و شنیدن آوازه‏ی سید کاظم رشتی - شاگرد و جانشین و مفسر آرای شیخ احمد احسائی - به وی گرایش پیدا کرد. 
چنان که پیش از این آورده‏ایم، شیخ احمد احسایی، معتقدات باطل‏اش را به بعضی از شاگردان‏اش، از جمله سید کاظم رشتی انتقال داد. از مهم‏ترین آن افکار، در ارتباط با بحث‏ 
 ما، ترکیب معجونی از افکار غلو آمیز درباره‏ی ائمه‏ی اطهار علیهم‏السلام و این که آنان «مظاهر تجسم یافته‏ی خدا» یا «خدایان مجسم»اند و این که لازم است در هر زمان، یک نفر میان مردم و امام زمان، «باب» و «واسطه‏ی فیض روحانی» باشد، می‏توان یاد کرد.
سید علی محمد، در مدت توقف خود در کربلا - که ظاهرا، دو یا سه سال طول کشید - در سلک شاگردان و مریدان سید کاظم رشتی در آمد و مورد توجه استادش قرار گرفت. [1] .
وی، در مدتی که نزد سید کاظم رشتی شاگردی می‏کرد، با مسائل عرفانی، و تفسیر و تأویل آیات قرآن و احادیث و مسائل فقهی به روش شیخیه، آشنا شد و از آرای شیخ احسایی هم آگاهی یافت. [2]  علاوه، هنگام اقامت در کربلا، از درس ملا صادق خراسانی که او نیز مذهب شیخی داشت، بهره گرفت و چندی نزد وی بعضی از کتب ادبی متداول آن ایام را فراگرفت. [3] .
سید علی محمد، در سال 1257 هجری قمری به شیراز بازگشت و هر گاه فرصت می‏یافت، کتاب‏های دینی را مطالعه می‏کرد. به گفته‏ی خودش:
و لقد طالعت سنا برق جعفر العلوی و شاهدت بواطن آیاتها؛ [4] .
همانا، کتاب «سنابرق» اثر سید جعفر علوی [مشهور به کشفی] را خواندم و باطن آیات‏اش را مشاهده کردم.